こんばんは
共和国がギガの素体を使わずにＢＦの素体を使用した理由はいくつかあります。
１、共和国が鎧龍輝の開発を開始したときには、もうすでに共和国軍は中央大陸から撤退していたため、ギガの素体を手に入れようとしても不可能だった。
２、ガイロスが幸いにも、強力な野生体であるＢＦの素体を譲ってくれた。
３、トミーが新しく大型ゾイドを作るのをめんどくさがったため、ＣＡＳを標準装備したＢＦの外観を変えることによって、その手間を解決しようとした。

以上３つ理由が考えられます。そのほかにも、ガイロスが共和国に強力な野生体を提供し、完全に同盟関係を築いたことを、ゼネバスに確信させるためとも考えられますがこれは予想なので、気にしないでください。