言いたいことは、ほぼ全て言われてしまった感はありますが、
実現は難しそうですね。
実際、実現したとしても、ゾイドが無敵もしくは強力なユニットとは限らない…というか、いたって普通の強さだと思います。
もちろん、ザクとかにでも、不覚を取ってやられる事があるでしょう。
純粋にゾイドが好きな人にとってはあんまり面白くないかも…。

さて、スパロボに出演となると、ヒーローになってもらわなければいけません。
パイロット候補としては、アニメで主役張ったバンかビット。
GF編のバンなら、アーバイン、トーマといった見方に、ライバルキャラとして、オーガノイド持ちの3人もいますので、これが最適っぽく感じます。
/0も見方はいますが、ライバルキャラにいまいちインパクトがないので、候補としては弱いかな。
「ジーーーーーク！」とか「シャドーーーーー！」など、
ヒーロー性も申し分なし。
アニメサイズのウルトラなら、母艦にも使えますね。
(いや、無理かな？でもあのゲームってサイズは結構テキトーだよね？)

===妄想終わり===
スパロボにゾイドが出たら、うれしいのかというと、
…NOかな。
ゾイドが好きなら、ゾイドオンリーのゲームが一番じゃないかと思います。