こんにちは、月崇仁です。
まずはこのような議題を提示してくれた神鳴流さんに感謝です。

ジェノVSフューラー
かなり微妙ですね。総合力ではフューラー、格闘・防御力ではジェノといった感じでしょうか。ですがジェノブレイカーに装備されているフリーラウンドシールドはEシールドより防御力が高いらしいですし、シュトゥルムユニットにも継承されていることからも基本性能が同じ位ならノーマルのフューラーではジェノに及ばないのではないでしょうか。

セイスモVSウルトラ
この2体、絶対に設定のサイズじゃ小さすぎると思うんですが皆さんはどう思いますか?
セイスモのデータがないのでわかりませんが、ビーム砲主体の機体と仮定するなら、弾切れの可能性のあるミサイル・弾頭砲撃主体のウルトラの方が不利な気がします。ただ、それは地形が平地の時であって、山岳等の障害物がある地形や海洋ならウルトラが有利になるのでは？
格闘戦は･･･成立するのでしょうか?　取っ組み合うまで何時間かかるのやら…

エレファンダーVSマンモス
後発機VS極旧式といった感じの対戦ですね、射撃能力と防御力では豊富な火器とEシールドを持つエレファンダーの方が上ですね、マンモスって前方の射撃武器一つしかないし･･･とはいうものの、格闘戦ではマンモスにも勝算があると思います。旧式ですが、重装甲・パワー系の突撃型ゾイドですし、何しろヤツは立ちますから（PSゾイドのマンモス勝利ポーズを参照）。あの状態から下駄をつけた足で踏みつけたら相当な破壊力になると思います。補足ですが、フル装備状態のマンモス（マンモスMk-2）であれば圧倒的に有利じゃないでしょうか。

イーグルキャノンVSバスターキャノン
正式名はロングレンジバスターキャノンでしたよね？射程が長く、また砲身も大きいと考えれば圧倒的に破壊力はこちらの方でしょう。それに対しイーグルキャノンはミドルレンジで低反動、破壊力そこそこのキャノン砲だと思います。
確かにバスターキャノンの方が強力ですが、ギガ等の機動性と格闘能力が身上のゾイドにはイーグルキャノンの方が適しています。一概に威力だけでの評価は難しいと思います。
よって僕はバスターキャノンはゴジュラス等Lクラスゾイドにとって主砲。イーグルキャノンはLクラスゾイドには副砲、ライガー系やMクラスゾイドには主砲といった位置づけで考えています。

ゼネバス砲VS大口径荷電粒子砲
そもそもゼネバス砲って何ですか?セイスモに装備されているようですが、どれがそれにあたる物なのでしょうか？写真だけではよくわかりません。

ううっ、長々とすいません。参考にもならない説明で申し訳ないです。