過去Q＆Aで、何度か行われた議論ですので、過去ログもごらんになられることをお勧めします。
さて、私見ですが少なくとも通常兵器では勝負にならないでしょう。
大気圏内で使用できる光学兵器が飛び交い、さらにそれと併用されるほど高性能な実弾兵器が飛び交う戦場で戦闘力を維持できるゾイドの装甲は現用兵器のそれとは比べ物にならないと考えます。
また、３次元機動が可能なゾイドの運動性能、不整地走破能力は現用兵器のいかなるものでも追随できません。VTOL戦闘機、ヘリ、ホバークラフトなどがかろうじて対応可能ですが、これらは所詮補助兵器に過ぎません。
つぎに、ミサイルの問題です。惑星Ziでは長距離誘導弾が使われていないため、この種の兵器の使用法如何によっては現在の地球が有利ではないかという考えがありますが、私はそれに同意できません。私は惑星Ziの自然環境が誘導システムに悪影響を及ぼすため、Ziでは有効視されないのだという考えにたっていますが、そうだとするなら戦場を惑星Ziにおけば地球製のミサイルも無力化されることになります。Ziの環境に対応できる技術が無い以上、Ziの兵器以上に無力化されるでしょう。では、戦場が地球ならば？この場合、先に述べた地球の常識を超越する機動性・防御力を誇るゾイドにミサイルが当たるか、当たったとして通用するかが問題となります。

核兵器についてですが、Ziで使おうという気配が無いのは、核兵器に対抗するための防御手段が確立されているためではないかと考えています。放射性物質が無くて作れないといった可能性もありますが、はるか未来の技術で水素核融合弾もつくれないとは考え難いので核反応を抑制する技術があるのではないかと考えています（別にSEEDネタではありません）。

さて、以上ゾイドが完全に性能を発揮すれば勝ち目がないという主張をしてきましたが、これらに対して戦場が地球だった場合、本当に性能が発揮できるかという問題があります。Ziに比べて地磁気が弱い（と思われる）地球ではマグネッサーは使えないかもしれません。
自然環境中の金属分の濃度が薄い地球ではゾイドコアは本来の出力が出せず、ゾイドはやがて衰弱死することになるかもしれません。

地球上でのコアの使用例はZナイトだけですので、あのコアが動いたから、他のゾイドも大丈夫だと考えるかどうかで結論が変わってくると思います。