まぁ、個人的な妄想ですが・・・。

バラッツ
これはまんまコマンドゾイドたちの後継機

ソード＆ソウル＆ブラストル
これはそれぞれゾイテックとＺｉ−ＡＲＭＳのそれぞれの改良、量産型

ムラサメ
特に思い浮かばないので、ホビジャと同じゾイテック製の新型ということで

そのほかのゾイド達
復刻はともかく、新規はみんな共和国製に思えますが、あえて分割するなら、デッドリーとランスダッグは帝国側かな。

バイオなゾイドたち
多分共和国か帝国の、もしくはＺｉ−ＡＲＭＳの一部の科学者が勝手に考案した新しき生命体。
ウルトラキャノンを見る限り、共和国にもいっちゃった科学者はいるみたいですし、
帝国なら、ドクトルＦみたいな人がいそうですし。

とりあえず、新規のレインボージャーク、ランスダッグ、バンブリアン、デッドリーコングは、
一応バトストの時代にはすでに開発されていて、たまたま少数しか配備されていなかったから、表舞台に出ることは無かった。
それが発掘されて、後からＺｉ−メタル製の武器がつけられた。
という妄想を頭に入れてあります。
その気になれば、想像力しだいでバトストにつなげられそうですしね。
ジェネシスはこういう面白みもあって良いですな。