自分も央紫さんとほぼ同意見です。
確かに、捕獲時の精神的ダメージは大きいでしょう。しかし、その分良いパイロットに出会えたときの友情は深まる物、と思います。
たとえば、アーバインのコマンドウルフ、ゴジュラスジオーガ、サイクス。
大破、もしくは破壊されそうなゾイドを助けたための俗に言う　恩返し　友情、または自分を操る技量を持つパイロットには戦友としての友情がゾイドとの関係を築いていると思います。
【人工コアの物はよく分かりませんが。】