そもそも『ＢＬＯＸゾイド＝人工物＝機械の塊＝ロボット』というのは思い込みや、早合点ではないでしょうか？

戦闘機械獣ゾイドもロボットではなく、一応はサイボーグ兵器であり、
模造／代替ゾイドのＢＬＯＸゾイドといえどもロボット兵器ではないのかもしれません。
ＢＬＯＸゾイドの中枢コアはＩＣとか電子部品、その他モロモロを工場でガチガチと組み立てモノではなく
培養カプセルでブクブクと成長させてたミュータント体ではないでしょうか？
高度なクローン技術が有る以上、新造生物を生み出すミュータント技術が確立していてもおかしくありません。
むしろ戦時という狂気の時代であり渦の中です。
宗教・倫理感などどこ吹く風・・・・・・
あの四角い中枢コアの中に何が収められていのかは興味深いところです。
培養液の満ちたカプセルの中にキモイ、生物が浮いているとか・・・・・・
※『ゾイドサーガ　フューザーズ』でアクティーの研究室やゾイド研究所に置かれているカプセルがソレ？

人は時には、理解しきっていない技術や知識を実践するものです。
それは多くしてトンでもない成果や結果を生み出します。
ＢＬＯＸゾイドはゾイドを超えるべくして生み出された存在（兵器／生命体）であり
デザインや運用形態はゾイドに準じていますが
その本質、開発経緯はまったくの別モノです。
多くの人は、ＢＬＯＸゾイドを便利な代替品＝機械／道具として見ていますが
ＢＬＯＸゾイドの本当の姿を知らないだけであり
それが、とてつもなくトンでもないモノを原材料としているのかんも知れません。
少なくとも、ＢＬＯＸゾイドは既存の生命の系譜や理論からかけ離れた生命体であり
神（生命）の領域を侵した悪魔の落とし子なのです。

まぁ道具としてのゾイドを目指したなら
製造工程で意思＝自我は封印ないしは発生しないようにしていたはずです。
キメラＢＬＯＸの凶暴性は無人兵器として有益と判断されたようですが・・・・・・
それに自己増殖や自己進化の機能は厳重に封印なしは除外していたでしょう。
しかし、時には科学者や開発者の理解や予想を超えた結果や現象が起きるモノです。
予想もしない要因、キッカケによってトンでもない変化が・・・・・・そんなハズでは・・・・・・

そのキッカケとは何か？と私的妄想・・・・・・
ZAC2109年早春のヘリック共和国とネオゼネバス帝国の最終決戦での光の柱！
それは永きに渡る戦いの終焉と新たな時代の到来を告げる光の柱。
映画なら美しく、感動の名シーンでありエンディングなんでしょうが、
その実体は高密度に精製／変異したタキオン粒子が大気中に大量放出された訳ですね。
それがＢＬＯＸ中枢コアを異常活性／変異を起こさせた。
機械、道具から新たなる生命体への進化・覚醒！
結果・・・・・・後の、フューザーズ系ＢＬＯＸゾイドの誕生・・・・・・