個人的にはBLOXに意思があるのはアニメだけの設定と考えています(--;
理由はヴィクセンさんの仰るように、BLOXに意思を持たせるメリットが無く、チェンジマイズやキメラなどは個体としてのアイデンティティーが維持できないからです。
アニメでは演出上、｢BLOXもゾイドと同じように野生化する｣とされているだけではないかと…
FUZORS=バトストの続編というのがTOMYさんの方針ではありますが…(--;

仮に意思があるとしても、BLOXに意思を持たせる必要性は…皆無かな。
ZOIDSを作り出してみたかったとか、ゾイドコアの謎を解いてBLOXを作ったら勝手についてきた…なんてことでもない限り、「商品」に意思を求める事はしないでしょう。
扱い易さを打ち出したものなのに、そこに意思が存在してしまってはゾイドと同じことですからねぇ。
確かにゾイドはパイロットとの感応により通常以上の能力を発揮することもありますが、結局は不確定要素ですし。
妄想戦記のように、ジェノブレを他のゾイド達が恐れる…なんてこともある訳で、扱いやすさと安定性が求められる｢兵器｣としてはゾイドは失格です。
そこに来て、ゾイドと同じような意思を持つものを作るとは思えません。
軍事利用を望まないにしても、扱いやすさと安定性は自動車などにも言えることですしね。
プログラムによって感情を模したものを表すことも出来るかもしれませんが、所詮はプログラムの範囲内であり、人間に逆らったり勝手に動き出すといった事はしないでしょう。
まぁ、｢意思＝魂｣と｢学習によって培われたプログラム｣の違いがどこにあるのか私には分かりませんけど。
ゾイドとBLOXの違いはサイボーグとアンドロイドといった関係なのかも。

何やら自分でも何を言ってるのか分からなくなって来ましたが、以上のことから私的には
｢BLOXに意思があると仮定すると、ゾイドを模してBLOXを作ってみたら勝手に意思もくっついてきた｣説
を推します(ぉ

全くの余談ですが、ZOITECのモットー｢ゾイドと共に歩む｣、私は全く信用してません(＾＾;