ゾイドコアボックス内の資料を見る限り、ＺＯＩＤＳコアを流用して他の部分は工業製品と考えて書かせていただきます。
　今まで皆さんが書かれている通り、さびない金属でもない限り錆は発生します。その為、現在の工業製品でも防錆処理が行われているものが多々あります。めっき、塗装などありますが、中にはあらかじめ表面を酸化（様は錆た状態）させて防錆皮膜をつけるものもあります（ナット、ボルトなどで市販品がありますよ。アルマイト処理もアルミ表面に酸化膜を生成する手法です）。ただ、現状としては、その防錆皮膜の厚みはどのやり方でもｍｍ以下の単位です。銃弾を受けたり、キバ・ツメで攻撃受けたら皮膜の下まで届くような傷を受けているでしょう。
　戦闘に用いられている兵器としては、いかに錆させないかよりもどれだけ迅速なメンテナンスが行え、本来の性能が発揮されるかに重点が置かれているのではないかと思います。ちょっと前の車のエンジンルームを見てみて下さい。結構給排気管なんて真っ赤に錆びてますよ。その点では装甲が錆び易いかどうかは機能上影響が出ない限りは無視される項目の1つになるかと考えます。また、先に述べたように防錆処理の有無にかかわらず戦闘後には何らかの錆が生じ易い状態になっていると思います。
　結論としてはゾイドは錆びるが、錆びにより支障の出る箇所にその使用頻度等により、適正な防錆処理・材料選択が行われて錆の発生を防いでいる。外装については日頃の手入れにより錆発生を抑えている。こんな所ではないでしょうか？（なんかお肌のお手入れや自動車・バイク等とおなじですな）
　追記）何とはなしに高速戦闘型ゾイドは重量軽減の為、外装等にチタン系の軽合金が使われているので錆びにくく、砲撃戦型ゾイドには鋼系の外装が用いられているので錆び易いと考えます。あくまで私見です。