これでは順番が逆ですね。

野生ゾイドがいない→戦闘機械獣がつくれない→人口コアを開発。がＢＬＯＸの開発の順序ですので、そもそも大量に捕獲できるんであればＢＬＯＸを開発しようなんてことにはなりません。
ＢＬＯＸを作りたい→研究材料として野生ゾイドを捕獲→野性ゾイド激減→生態系壊滅ではないと思います。

野生ゾイドの増減と関係なしに、ＢＬＯＸの開発が行われたのだとしても、実験に必要なコアが別に何万体も必要なわけではないと思います。

ただ、大異変で生態系壊滅→野性ゾイド激減→戦闘機械獣が作れない→ＺＯＩＴＥＣがＢＬＯＸ開発を決意→研究用に野性ゾイド捕獲→野性ゾイドさらに激減という可能性はあると思います。