そうですね……？　私の考えの場合ですと……。

基本的に、出力構造以外、ゾイドコアの構造はすべて同じ。
ただし、遺伝子情報のみが異なるのでどんな小型のゾイドでも調べれば構造は解ると思います。
生態系が狂ったといっても、確か、大型や超大型といえるものが居なくなっただけで、小型のものは生きているでしょうから。

まず、そうしてコアの構造を理解しますよね。
そうしたら、次に武器をや装備品を作ります。
で、惑星Ｚｉとてすべての動力をコアから賄っている訳ではありませんから……。
エネルギーを流してみて、「この武器を使用するには○○分の出力が必要」というのを計算し、実際に電力などを流すことで実証します。

後はひたすら人工的にそこまでの出力が得られるまで人工で作ったコアをひたすら弄繰り回す……こんな感じかと。

ただ、ゾイドが大きい＝コアも大きいとは限らない事から、結果的に、人工コア単体では、東方大陸で調査できたものではＢＬＯＸ程度のものしか動かせなかった。
ただし、幸いにも人工であることの特性を生かしてチェンジマイズして複数のコアを用いることにより、大型と見紛うばかりの出力を得ることは可能になるのでしょう。

個人的な考えでは、ＢＬＯＸコアを複数持つ事で大型とも渡り合えるほどの出力を持つことは不自然ではありません。
恐らくは、コアのエネルギーを幾つものコア間で交換し合いながら流し、大きなエネルギーを同時に複数演算・制御処理することによって「１＋１＝２以上にすること」を可能にしているのではないか、と。

キメラも、この複数演算・制御処理を利用することによって単体コアでも強い出力を得る事が可能になったのではないかと思います。
ただし、キメラはコアが単体にその強くなったエネルギーを閉じ込めてしまったことが弱点だったのです。
単体であるがために出力制御が追いつかなくなり、自壊する為に、遺伝子のかみ合わせの悪さとも相まって、その寿命が短くなったのでしょう。
いわば、「すぐに影響が出るほどではないオーバーフロー」を常に起こしてしまっているのです。

Ｚｉ―ＡＲＭＳのデカルトドラゴンもその辺りの技術の発展流用だと考えられますから。
ちょっと逸れますが、「合体（ユニゾン）すると出力が高くなる」のはこの複数演算・制御処理の賜物だと思われます。

ゾイドの細胞は金属細胞でしょう？　つまり、常に微量ではあるものの、細胞間結合を維持するためのエネルギーが最低限流れているわけです。
出力が高くなることでこの結合力も高まったと考えれば、ある程度ではありますが、装甲が堅くなるのも考えられなくはないと思います。
ただ、負荷に耐えられなくなれば……アニメＦＵＺＯＲＳのキラースパイナーのようになってしまうでしょう。
ですから、事はコアだけに留まらず、ゾイドの細胞全体にまで研究は及んでいたはずです。

以上のような感じかと思います。
恐らく、乱獲するということはないと思います。ある程度、大量に採取したことは想像に難くないですが……。
何せ、キメラなどで暴走が起こったりしたのは遺伝子情報をも採取できたからな訳で。

随分と長くなってしまいましたが、私の考えは以上のようなものです。