■力押しぶち抜き合体
ゾイドにオーガノイドが合体すると起きる特異効果に自己修復／再生の効果があります。
第１話で化石化しスクラップ状態のシールドライガーをジークは見事に再生させています。
ゾイドの装甲や内部メカを突き破っても合体に成功すれば一瞬にして修復し無かった事に成っちゃうのかもしれません。
そのいえば、シャドーは単身体当たり攻撃で共和国ゾイドを何体か葬っていましたね。
おそらくオーガノイドに合体されるゾイドは、合体の度に苦痛に耐えているんでしょう・・・・・・

■幽体合体
アニメ版ゾイドの設定をみると、
バン達の遠い祖先は星の海を渡って惑星Ｚｉに移り住んだそうです。
では、フィーネたち古代ゾイド人は惑星Ｚｉ固有の住人でり異種生命体。なら、同じ様な容姿をしているはずは無いですよね。
おそらく、彼女たちの姿は仮そめの姿。実体は異質、
例えるなら、エネルギー生命体とか精神生命体だったとか・・・・・・
あくまで彼女たちは、現住民であるバンたちとコミュニケーション出来るように姿を変えているのです。
幽霊だって上等なヤツは感触も存在感もバッチリなんですからね。

■量子論合体
常識的に無理と思われる事でも、量子力学的には否定できない現象があります。
「トンネル効果」と呼ばれる現象です。
おそらくジークは身体を素粒子や電磁波レベルまでに変換し、
なおかつ未知の力で空間を不安定化（ブランク定数を増加）させてゾイド核まですり抜けているのでしょう。
通常というか確立論からいっても、あのサイズで通り抜けできる確立は宇宙誕生から消滅までに１回あるかすら疑わしい可能性だそうです。
つたない科学知識からの意見ですので有識者のみなさんフォローを・・・・・・