セイスモサウルス ｖｓ マッドサンダーですが、
元来マッドサンダーは対デスザウラー用であり、セイスモサウルスの超収束荷電粒子砲による長距離砲撃は想定されていませんので防御力は未知数です。
戦場においては多くの場合セイスモサウルスの狙撃／待ち伏せ攻撃による先手であり、マッドサンダーがすぐさま防御できるかが疑問です。
相対位置関係を考慮すればマッドサンダーは圧倒的に不利です。
マットサンダーのような巨大格闘ゾイドなら進撃速度とコースは限られおり、防御側は常に予見でき先手と対策を取りやすい点もあげられます。
※アウトレンジ攻撃ができない点を考慮すればマッドサンダーはウルトラザウルスよりも手玉に取りやすい？

とはいえ、マッドサンダーは、おそらく全ゾイド中最高の防御力を誇る超重ゾイド。
※試作／実験機、ワン・オフ機（キングゴジュラス等）はのぞく
直接対決においては最強ゾイドの一つでもあり、マッドサンダーが横一列に数台並んで突貫（突撃）された日には迎え撃つ帝国兵には地獄絵図そのものです。
絶大な防御力とマグネイザーを併せた突撃攻撃はデスザウラーはおろか城砦（要塞）をも切り崩す破壊力（突破能力）をもっているといえます。
※対デス戦、シールドが焼き切れる前にかなり接敵できるでしょうし、デスザウラーの防御陣は崩れ乱戦状態に、あとは集団戦／組織戦にて勝負・・・・・・
※少なくともマッドサンダーと対決した直後のデスザウラーは息切れ状態であり戦闘能力は極めて低下している事でしょう。

そんな最強ゾイドの一つでもあるマッドサンダーですが、その建造費（コスト）も全ゾイド中でも最高クラスでもあるとも推測できます。
マッドサンダーのゾイド核の確保も問題ですが、肝心のフレームや装甲も巨大で特殊な物であるといえます。工場やドックも専用のモノが必要でしょう。
また、その巨体ゆえに完成後の維持／整備費（飼育費？）も馬鹿にならないくらい高コストであると思いえます。
マッドサンダーを１機造る予算で他のゾイドなら何台、何十台、何百台製造ができ戦場に投入ができる事でしょうか・・・・・・
すくなくともネオゼネバス帝国に本土を制圧されたヘリック共和国に、それだけの経済力、技術力（≒生産設備）は無いと思います。
共和国側は１機のマッドサンダーよりも、複数台のゴジュラスギガ、最終的には、さらに複数台の凱龍輝を選んだのでしょう。

実際問題、ヘリック共和国の台所事情は苦しく共に数を揃える事（生産する事）が出来なかったとのでしょう。
いまさらマッドサンダーに多額の予算（人・金・モノ）を投資し、無理をして建造しても大局には影響しないのかもしれません。
高性能中型ゾイド（ＢＦ等）の集団の前に、マッドサンダーの力は霞みさえします。
護衛機にギガ、凱龍輝を揃えていては本末転倒です。
マッドサンダーはある意味、ヘリック共和国軍の『バブルの花』的ゾイドでもあります。
ウルトラザウルスと共にあまりも高価で稀少あり、象徴であるがゆえに損傷が怖くて直接戦闘に参加できないという
太平洋戦争（前・中期）の戦艦 大和のごとく能力とは別のところ／意味から使えない兵器になってしまったのかもしれません。