ＯＳを使わなくても核の分裂はできる筈ですよ。
ファンブック３のウオディックの項を見てみると、
『ＯＳを限定的に使用することにより、ゾイド核の分裂を促進できる』と書かれてます。
つまりＯＳがなくては核の分裂ができないのではなく、
ＯＳを使用することで飛躍的に核の分裂速度を速めることができるということだと思います。

実際マッドサンダーにしても核を培養、増殖させて建造されています。
この時点では共和国はＯＳの解析どころかインターフェイスの存在すら知らなかった筈ですし、
やはりＯＳを使っての核の量産技術は持っていないと考えるのが妥当ではないかと思います。