マッドサンダーとゴジュラスギガの運用方法の違いについては、既に私を含めて何人の方々の意見が出ておりますので、開発目的云々について考察してみます。

　マッドサンダーは「対デスザウラー戦に特化したゾイド」であると同時に「ウルトラザウルス系の戦闘司令ゾイド」でもあります。　これは、マッドサンダーに複数のパイロットが搭乗し、情報処理機能が高められいる点からも分る事です。　よって、ウルトラザウルスが後方から指揮するタイプであるのに対し、マッドサンダーは最前線で指揮するタイプの司令機としても活躍できるように開発されております。
　一方のゴジュラスギガは、「従来機のゴジュラスの欠点である機動性の低さを解消」しつつ、「増大化する攻撃力（主に荷電粒子砲）に対抗できるだけの防御力の取得」を目的として製作されております。　現在のゾイドのラインナップを見れば一目瞭然ですが、現在では機動性を重視した機体が多く、それらに対抗するには同じように機動性を高めた強力なゾイドが必要であります。　つまり、ギガは厄介な敵ゾイドを撃破する強力な戦闘要員として開発されているのです。

　どちらにせよ、現在のゾイドの性能の傾向を見る限り、マッドサンダーを量産するよりゴジュラスギガの方が対抗できるのは確かですね。　ギガも対デスザウラー戦を想定して開発されている事は、疑いの余地のない事実ですから。