久々の投稿となります。

マッドとギガ、どちらも強力な戦闘能力を持つゾイドではありますが、皆さんのおっしゃるとおり「運用方法に違いがある」のではないでしょうか？

その運用方法の違いを自分が思った仮説を立てて考えたいと思います。（概出の仮説が多いですが・・・）

その１・・マッドサンダーは対デスザウラー用ゾイドであり、巨大ゾイド以外での戦闘は不得意である。

その２・・共和国が勢力圏としている高山地帯では、マッドサンダーは行動できず今の戦局では使用が出来ない。

その３・・マッドサンダーのコアが調達不可能な状態にあり、製造したくても製造できない状態にある。

その４・・経済的な観点から。ギガの製造費用に対して、マッドの製造費用は異常に高い（１：３または１：５位？）ので、経済的に貧窮している現在の共和国ではマッドを製造する余裕がない・・・・。

色々考えてみましたが、特に有力なのが１・２ではないでしょうか？　現在の戦闘において、破壊力は抜群だが機動性においてギガに劣るマッドは、取り回しが悪くバーサークフューラーを中心とする帝国高速部隊には相性が悪いのかもしれません（対エナジーでは特に相性が・・・）

以上、仮説だらけのマッド＆ギガ説でした。