マッドサンダーの欠点を考えると、一概にギガより効率がいいとは言えませんね。

　もともと、対デスザウラー用に特化した機体設計であるため、現在の主流派になっている対中型〜大型高機動ゾイド戦には不向きであるという欠点があります。　こと、ジェノザウラーやバーサークフューラーのような高い火力と高機動性を併せ持つ機体がネオゼネバス帝国にある以上、自慢の反荷電粒子シールドもマグネーザーも影が薄くなります。
　ＯＳについてもプロイツェン派が独占状態に置いていた可能性が極めて高く、現在のガイロス帝国にもまともな資料が残っていないとも考えられます。　また、共和国側のＯＳ技術が低い事も既に明言されており（ゴジュラスギガ付属バトスト参照）、易々と強化改造や増殖量産が行なわれるとは言えないでしょう。
　ついでにもう一つ。　ゴジュラスギガが開発されている当時、中央大陸における共和国軍の拠点は山岳地帯などに集中しており、平原地帯などに存在する拠点は残らず帝国軍に潰されております。　となると、当然のことながら反抗拠点は険しい山岳地帯にある秘密基地、そして山岳地帯での行動をほどんど想定していないマッドサンダーに、山を下って行けという酷な真似は、まず不可能です。

　以上のことから、

１：対デスザウラー戦用に特化しすぎて、対中型〜大型高機動型ゾイド戦を有利進める事が出来ない。（確定）
２：暗黒大陸決戦以降、新規のマッドサンダーを作るだけの幼体などが無い。（仮定）
３：山岳地帯の秘密基地から平野部の帝国軍陣地まで進撃できる走破性能が無い。（確定）

　の三点から、マッドサンダーの配備よりゴジュラスギガの開発・生産に傾斜されたと推測されます。



　まぁ、マッドサンダーとゴジュラスギガは運用方法がまるで違います。　よって厳密に比べる事が難しいので、この意見も自分自身から見て絶対に正しいとは言えませんが・・・・・・。