まず、現在の共和国にマッドを量産できる国力があるかどうかが問題ですね。

ＺＯＩＴＥＣの支援を受けているとはいえ、ブロックスの企業であるＺＯＩＴＥＣに通常のゾイドの生産力がそれほどあるとは思えませんし。
ディメトロプテラのバトストで、ストームソーダーやサラマンダーのほとんどを失っているという描写から察するに通常のゾイドの再生産は容易いことではないのでしょう。
ＯＳを使えば量産は容易ということですが、帝国に比べ共和国はＯＳの解析はそれほど進んでいないと思います。

実際、共和国にはブレード以降ＯＳを搭載した新型機が出てきてませんし。（スナイプマスターはどうだったかな･･･）
ＯＳの研究自体凍結しているのかもしれません。

コアを幼体から培養しなければならないマッドよりも、希少種とはいえ野生体が存在するギガの方がまだ量産性は高いと思います。

戦力で言えばマッドの方が上だとしても、量産ができなければ、戦力として数えるのは難しいのでしょう。