Zガンダムとかでも昔のキットは部品を差し替えたり余ったりといったことがありました。
ゾイドはバリゲーターの口の中のコクピットに代表されるように、実際のゾイドの忠実なミニチュアと考えるには難しい部分が多々あります。
その辺は本当はばらさなくても変形してるんだ、と考えればいいんじゃないでしょうか。
それはキットとして不完全だとは思いますが。