当たらないなら当たるようにする。
曲がらぬなら曲げてみせる。
そこが惑星Ｚｉの技術屋や我々妄想人の意気込みてヤツでしょう。

補足ですけど、
荷電粒子という極小の物質を超高速で射出しているのが荷電粒子砲です。
粒子ですから微小ながら質量があります。ですから重力の影響を受けて曲がります（弾道軌道をとる）。
また射出時、表面はプラズマ化してますので地磁気の影響を受け直進しません（しない可能性が大）。

まぁ屁理屈はいいですよね。科学的考証だの基本設定だのいっていると委員長が来ますので・・・・・・

●発射地点が高地だった。
セイスモバトストでは発射地点が特定できません。バスターイーグルがどこの偵察映像を送信したのかも不明です。
中央山脈の高地から発射したのかもしれません。
じゃ混乱するクック要塞に突撃してきたセイスモは何だ？といえば別機です。バスターイーグルの報告機であり発射機が別だったのでしょう。
さらに加えれば、セイスモには長距離砲撃仕様と格闘戦仕様の二種類があり使い別けされていたのかもしれません。

●反射衛星砲
「宇宙戦艦ヤ○ト」と同ネタ。上空に反射ミラーを搭載した人工衛星ないしは、レドラーなりシュトルヒが旋回。反射させることによって任意の地点を攻撃した。
円形の切り口といっても入射角が不明ですからね。

●曲げる設備があった。
ＴＶアニメ『ゾイド』第38話「鋼鉄の野牛」じゃゴルドスＧＰＳ仕様の発射した磁力誘導ユニットによってビームを曲げています。彼らの技術力では可能なのでしょう。
この場合、上下方向に曲げるわけですから、セイスモの前方（射線上）にはライオンの火の輪くぐりの輪に似た機材が相当数並んでおり、それで曲げるるとともに集束荷電粒子砲を誘導したのかもしれません。
秘匿性、機動性を考慮すれば、変な機材をしょったゾイドが多数いたのかもしれません。

●惑星Ｚｉの大気特性
我々の住む反対側の世界。我々が常識と思っている（思い込んでいる）自然現象がそのまま適用されるといいきれますか？
タキオン粒子なる未知なる物質が漂っている大気であり、世界です。何の心配もなく曲がるのでしょう。

バトルストーリーとかはエンターテイメント性を出すために脚色されている可能性が大です。
文脈を鵜呑みにするのもいいですが、隙間を付く裏技、可能性、見えない所や語られていない部分は沢山あるはずです。