この２体のゾイドの強い弱いは相性によるものではないでしょうか。

マッドサンダーのようにデスザウラーにとって相性が悪いゾイドと。
デスザウラーにしてみればギガは「巨体のくせにすばしっこくてウゼェんだよ！！攻撃さえ当たればこんなヤツ・・。」なかんじでしょう。ようするにパワーはあるけど鈍足のデスにとって高速巨大ゾイドはとてもうざったいんです。
ギガからデスを見ると、「あんたの攻撃は当たらんよ」
なかんじでしょう。
しかし、セイスモとデスではどうでしょう。
これは対デスザウラーようには開発されてません。
セイスモにとってデスを傷つけられる武装はゼネバス砲だけなんです。格闘戦は無謀です。
射程に入れば向こうにも大口径荷電粒子砲があるんです。そうするともう「先に２．３発撃った者の勝利」
になります。デスもセイスモの巨体を一撃でスクラップにするのは難しく（頭部直撃なら話は別）、セイスモもデスザウラーの超重装甲を一撃で打破するのは困難でしょう。
この話にマッドを入れると、鈍足荷電粒子砲軍のデスとセイスモには有利ですが。高速ザウルスのギガには不利なんです。

ギガよりデスが強かったら（アロガイガーさん）
まぁ誰もが機体性能ではデス＞ギガを信じて疑わないでしょう。公式のひとつでもあるゲームでは明らかに
デス＞ギガなんです。（サーガ、ＶＳ２など）
しかし、共和国では以前既にデスザウラーにヒドイ目に遭わされているので、いくつかの対抗策を持っています。（マッド、ディバ、ゼロシュナ）など。
だからいくら強くともなれているデスザウラーに対してはあんまり怖くないんです。
でも時代は変わった。新しい世代に交代しようや。
ちなみにコスト面では野生体ベース機の方がOS機より生産コストがやすいようで。