盛り上がってますね。
さて、私も神鳴流さんの提案を踏まえて考えてみます。
現在の最強候補ゾイドですが、バトストの流れだけで見ると、セイスモ＞ギガ＞マッドサンダー＝デスザウラー＞
となっております。
（純粋な戦闘力を検討したいのでダークスパイナーは除きました。凱龍輝はまだ本格的なバトストがありません。エナジーライガーも同様）

私はギガ信者なので、そういう見方で考えていく事をお断りしておきます（笑）
シルビスさんの意見はおおむね賛成ですね。
まず、マッドサンダーとデスザウラー（OS）。昔ならマッドサンダーの勝ちは動かなかったのですが今のデスザウラーはOS装備でパワーアップ。おまけにマッドサンダーは少し弱体化して
しまっていたので、ほぼ互角となっているはずです。
ではマッドサンダーとギガ、現在どちらがデスザウラーに対してより有効なのか？
答えはギガ。ギガは付属のバトストでステルススティンガーの装甲をやすやすとふみ貫いていますが、デススティンガー類の装甲は「かつてのデスザウラー級の超重装甲」と記述されています。このことからも例えウェイト負けしててもギガには
デスザウラーにダメージを与えるパワーが充分あります。
また、ギガを包む古代チタニウム（だっけ？）合金は帝国の兵器をほぼ無効化していました。（セイスモ登場までは）
随分おおまかな記述ですが、要はその当時帝国の所有していたゾイドでは勝利するのが難しかったって事です。
アロのバトストではデスザウラーに苦戦していますが、その
時のギガは「整備不調」「間接部にダメージ」という
ハンディを背負っていました。にもかかわらずデスを撃退しています。アロの援護があったとはいえ。
また、共和国が長きに渡ってクック要塞を守れたのは
デスザウラーの荷電粒子砲がギガのハイパーEシールドを
破れなかった事を意味しています。
マッドサンダーを不完全とはいえ復活させた技術は、マッドの反荷電粒子シールドの研究を一歩進めたといえます。
それがハイパーEシールドになったと思うのです。
格闘戦では、デスの攻撃があたればギガにもダメージがある
みたいです。しかし当時最新鋭だったギガが与えるダメージの方が多そうなので、これもギガ有利かと。
加えて、あんまり根拠はないのですが、
「OS搭載ゾイドよりも、野生体改造ゾイドのほうが強い」
みたいな風潮がバトストで感じられるので・・・。
完全勝ち、とまでは行かなくてもギガのほうがデスより有利だと思います。