私はセイスモ＞デスで正しいと思います。まず両者の装甲ですが、これは両方とも同レベルだと思います。デスザウラー並みの装甲がデススティンガーに搭載されているわけですから、セイスモにも施されているとみて間違いないでしょう。実際コロコロにもそういった記述がありますし。ファンブックに「物理的な装甲で荷電粒子砲を防ぐことは不可能だ」とありましたので、ギガやデスザウラーの装甲ではゼネバス砲は防げないと思います。

次に荷電粒子砲ですが、これはセイスモのほうが上回っていると思います。単純な破壊力でみればデスザウラーのほうが上回っているかもしれませんが、敵ゾイドを破壊するのに、必ずしも完全に破壊する必要はないと思います。セイスモがやってるようにコアやコクピットを狙い撃ちすればまず勝てます。それにセイスモには射程距離もあります。
ここでシールドについて考えてみると、デスザウラーの粒子砲はある程度広域に放射するため、ギガやマッドサンダーのシールドに防がれてしまうという描写がありましたが、おそらくセイスモの粒子砲はデスザウラーと同クラスの威力がありながらも、エネルギーを引き絞って集中的に発射できるという利点があるため、おそらくシールドを破ることができても何ら不思議はありません。

さらに、中・近距離戦闘では、やはりあの３１連小型レーザー砲が威力を発揮するでしょう。一度に周りを一斉掃射することができるのですから。威力も、荷電粒子エネルギーを使用していることで申し分ないと思われます。
さらに格闘戦でも、デスザウラーよりも長い尾に加重力衝撃テイルを装備することで、デスザウラーには一歩及ばぬまでもなかなかの威力を有していると思われます。これらの点から、従来の中型ゾイドではとてもかなわないのではないかと思います。

結論を言うと、まずデスザウラーは６０年近く前に作られたゾイドなので、（ＯＳ搭載などの改良はあるにしても）その技術を応用して全く新しく作られたセイスモよりも圧倒的に強いはずはないと思います。むしろ現在の最強ゾイドと互角に渡り合えること自体が驚くべき事実なわけで、もちろん運用方法などによっては違いがあると思いますがやはりセイスモのほうが強いのではないでしょうか。

かつてマッドサンダーは対デスザウラー用に造られたゾイドですが、だからといって中央大陸の戦いでデスザウラー以外の敵に苦戦することがあったでしょうか？その時の最強ゾイドを倒すために生まれたのですから、それ以外のゾイドはかなうはずもないと思います。（もちろん作戦などの云々にもよりますが）そのことが、今のセイスモサウルスにも当てはまると思います。