かなり間が空いてしまいましたが、新しい考察を述べさせて頂きます。
……考察というよりも想像の域になってしまうのですが。
アニメ:ゾイドジェネシスに出てこなかった既存兵器で、流体金属装甲を打ち破れそうなものを書き出してみました。
対象はバイオゾイドの中でも脆弱と考えられるバイオラプターと想定します。
　・レーザーブレード系統（ブレードライガー　レブラプター　等々）
　　・ESCS(Energy Sword with Canon Shield)通称エスクスユニットのエネルギーソード
　　・AZ高熱火炎放射器（ゾイド ジェネシス　第2話　「バイオゾイド」で装甲が沸騰した描写から推測）
　　・ジェノザウラー級以上の出力の荷電粒子砲、またはビーム兵器
　　・マグネーザー　エクスブレイカー　フリーラウンドブレード　バスタークロー
　　・ロケットブースター加速式クラッシャーテイル　等
実際に有効かどうかは劇中で描かれなかった以上分かりませんので『効きそう』というイメージです。
ひたすら硬いものをぶつけるという意味では、ディバイソンのツインクラッシャーホーンも有効かもしれません。
ただ、ランスタッグ量産型のランスが効かないような話も聞きましたので、上記のリストも微妙なところですが……。
惜しむらむは、エレファンダー遊撃隊の全ての鼻先がノーマルタイプだった事でしょうか。
物語終盤、ハック専用機がパワーアップして登場するのかと思っていたのですが残念でした。
なお、旧ゾイド時代に猛威を振るった重力兵器やキングゴジュラスのスーパーサウンドブラスター、
ギル・ベイダーのビームスマッシャー等の超兵器は『防げるはずが無い』という先入観で番外としています。

流体金属装甲が共棲生物という考えは大変面白いと思いました。
ルージが感じていた違和感も、この辺りにあるのでしょうか。
より異質な存在を強調するなら、共棲ではなく流体金属装甲側の一方的な搾取という考えもあるかもしれませんね。

・液体は固体より、原子(分子)の結合が弱い状態だから、防御になるわけがない。(水では氷を跳ね返せない)

と遊星さんは言っておられますが、そうでしょうか？
弾やビーム、レーザーが装甲の下の重要機関に届かなければ良いのであれば、弾き返すだけが装甲では無いのではないでしょうか。
例えば、プールに向かって石を思い切り投げたとして、石は投げられた時の勢いを保って底にぶつかるでしょうか?
そうはならないはずです。水にぶつかって衝撃が吸収されるからです。
映画等で、銃を持った男達に追いかけられた主人公が海に飛び込めば助かるのは、そういう理由（それと狙いがつかなくなるから、も）だと思っていたのですが。
ＳＦ作品で流体金属装甲と言えば、アニメ版の銀河英雄伝説のイゼルローン要塞が有名だと思います。
あれも実体弾系の攻撃は、その衝撃を吸収することで無効化し、レーザーやビームに対しては蒸発することで熱量を拡散して無効化する（しかも引力で放っておいても戻ってくる）となっていたはずです。
私もジェネシスの流体金属装甲（ヘルアーマーでしたか？）に関しては、否定的な印象を持っていますが、それは
●どうやって機体表面に流体金属を留めているのか
●バイオゾイドがやられると消える（蒸発？）するのは何故か
●小型バイオは、あの流体金属の量であの防御力があるのは何故か
に対してなんら説明がなされていなかったからです。

ですので「流体金属装甲＝共棲生物」説はたいへん面白いうえに２つの疑問に答えられる、良い説だと思って拝見しました。
製作者側が最初からこういう設定を付けておいてくれたら…
というのは高望みなんですかねぇ。

チューブワームという生物は、体内にバクテリアを住ませて硫化水素を提供し、バクテリアが作ったエネルギーを受け取っています
バクテリアがいなければチューブワームは死に、チューブワームがいなければバクテリアはコロニーを作れないという点で、遊星さんの冗談に非常に近いです

では私はさらにあり得ない説を

メタノイド（借ります）は地軸変動による戦乱時に敵開発された生物兵器だった
寄生されたゾイドは全身ネバネバした液体金属に包まれたバイオゾイドになってしまう
バイオゾイドは「うううう〜」と唸りながら他のゾイドに噛み付いてメタノイドは感染
しかし確実とは行かず、自軍にも被害が出るので開発は中止
メタノイドの動きを阻害するジャミング（？）を出す電子戦用鳥型ゾイドを開発

ちなみにコレを書いている時の私は変な電波を受信していましたので本気にしないでください

バイオゾイド。
もともと生物であるゾイドに、わざわざ"バイオ"という接頭語を付けたのは何故でしょうか？
ここで、通常のゾイドとは別な意味で、生き物な部分があるとしたら、
この奇妙なネーミングにも説得力がでます。
通常ゾイドとバイオゾイドの最大の違い。
それはバイオ装甲に他なりません！
つまり、バイオ装甲が生きているという、無茶苦茶な仮定で話を進めたいと思います！

流体金属からなるバイオ装甲。これが生きている。
生きているが故に、自由に形を変えることもできるし、ゾイドのフレームに張り付くこともできるのです。
この金属生命体を、ここではメタノイドと仮に呼ぶことにします。
惑星Ziに、もともと存在しなかったメタノイドは宇宙からやってきた存在です。
我々、有機生命体とは全く異なった進化を遂げ、金属に命が宿った存在。
これらを捕獲、その魂をバイオゾイドのコアと融合させてバイオゾイドを作ったのです。
(人間の魂を結晶化させることのできるディガルドならこれくらい出来ると思います)
本来なら、メタノイドにバイオゾイドをいちいち守ってやる義理などないのですが、
魂が融合してしまっているので、生きるには、バイオゾイドを守ってやるしかない。
まさに一連托生。
おそらく、意思も奪われていて、生存本能のみにされてしまっている物と思われます。
そして、バイオゾイド本体が死に、コアの活動停止と共に、
メタノイド=バイオ装甲も死を迎えるのです。

(9割は冗談です)

一応、メタルＺｉは、
公式設定で、もっとも硬い金属とされています。
硬いから、より柔らかいものを叩き切っている。
というのが僕のイメージ。

バイオ装甲に関しては、物理的にありえないから、
トンデモ設定認定で、深く考えていませんｗ

ちょっと考えただけでも、矛盾がてんこもり。
・液体は固体より、原子(分子)の結合が弱い状態だから、防御になるわけがない。(水では氷を跳ね返せない)
・常温で液体な元素は水銀と臭素だけ。もちろんバイオ装甲が高温で溶けてる状態といった描写もない。
・形状を保つ理由として、マグネッサーというと、ゾイドの世界では便利な言葉だが、磁力でひきつけられる金属は、鉄をはじめ数種類しかない。

ジェネシスは、ファンタジー的、魔法的な描写の多い作品だったから、
ぶっちゃけ、魔法でもいいような気もします。
"進化しすぎた科学は魔法と区別がつかない"
でしたっけ？
ナノマシンまでいっちゃうと、もう、魔法も同然の領域な気もしますね。

難しい問題ですし、専門的な知識はないし、公式な回答が無いので結局は自説で終わってしまうのですが……。
なので、これをお読みになる方は鵜呑みにしないで下さいね（＾＾；
ただの自説披露にしかならんので（苦笑）

バイオ装甲は、電気結合による半液体金属と言える様相を呈しており、簡単に言えば『ゼリー状』となる事で形を形成しているのではないでしょうか。
その為、許容量以上の運動エネルギーを与えられると、許容できない分の衝撃はフレームに伝わってしまう。
その結果として、バイオ装甲は残り、衝撃に耐えられなかったフレームが崩壊する――という訳です。

フレームについては、部位ごとに一気に崩壊してしまうため謎ですが、もしかすると、生物学的には『部位一つで一個の細胞』という扱いなのかも知れません。
そして、フレームには随時エネルギーが流れており、その構成を破壊されると、自らが保有するエネルギーによって崩壊するのではないかと。
こういう観点からすると、バイオゾイドは（もしくはバイオゾイドでも）完全な生物の模倣が出来ているわけではなく、技術としては不完全なものなのかも知れません。あくまで推測ですが。
また、そうするとジェネレイションズでの首を折られても生きているという状態に疑問点が出るわけですが、バイオ装甲でも語った『ゼリー状構造』がフレームにも生かされており、神経細胞も全体に行き渡っており、神経網が何らかの形で『繋がってさえいれば』崩壊しないのかもしれません。
となると、崩壊してしまう時は『全体に許容できない衝撃が伝達された時』となりましょうか。

それはともかく。
話は戻りますが、こういった技術と推測できるバイオ装甲にはS.Tさん同様、大きな運動エネルギーによる攻撃が有効であると思います。
レーザーは運動兵器ではありませんが、バイオ装甲が形を保てないだけの熱量――融点を越えるような、もしくは熱拡散が追い付かない程の――を受ければ、その熱量がフレームに伝わりダメージを与えることが出来るのではないでしょうか。
ビームや実弾は運動兵器となる訳ですが、これならば、十分な運動エネルギーを与えられるのではないでしょうか。
ジェノザウラー級以上の荷電粒子砲の描写がジェネシス・ジェネレイションズ双方に無かったので疑問ですが、それだけの威力があれば、バイオゾイドを倒せたのかもしれません。
もっとも、それだけのエネルギーや運動量を使わせる訳ですから、随分と燃費の悪い撃破法と言えますが……。

で、肝心なメタルＺｉに関して。
これは、別に特殊な効能なんてものは無く、『ただひたすらに硬い』のではないでしょうか。
メタルＺｉは、主に刃物やそれに準じる形で使われていました。
装甲にコーティング、何ていうのもありましたね。
刃物と言うのは、圧力を一点に集中させるのに有効な武器です。
多少大雑把な見解ですが、『切れる』という現象も圧力が一点に集まって起こるものなのは周知の事実。
つまり、『ただひたすらに硬い』メタルＺｉの造り出す衝撃力を刃物などの形に整形することで『一点に集め』、圧力としても申し分の無いものにまで高め、バイオ装甲の衝撃力吸収許容量を越える事により、叩き切っているというのが実情なのではないかと私は思います。

弾丸として後程生成されたメタルＺｉですが、それは技術力と生産コストに関係があるのかもしれません。
実際は、普通に格闘で機体のパワーを用いるより、射撃の方が衝撃力や貫徹力は強かったのかもしれません。もしくは同等か。
ただ、コスト面から考えて、格闘武器として何度も使い回した方がコスト的には安上がりに済むので、接近戦用の武器という形が採られたのではないでしょうか？

以上が私の持論です、実際は深く考えてはおらず、何となく『ああ、こんな感じなんだろうなー』というのを言っておりますので、もし内容に抜けがあってもどうかご容赦ください（＾＾；

昨日Q＆Aに書き込みを行いましたが、議論になりそうなのでこちらに移行しました。

バイオゾイドの流体金属装甲についてですが、メタルZiを使わず、
この特殊な装甲を打ち破るためには、大きな運動エネルギー・衝撃等が有効かと思われます。
流体金属装甲自体は無事でもフレームが耐え切れず圧壊してしまう、といった結果になるでしょう。
少なくとも、バイオラプトル級にはアイアンコング級の拳打が有効かと。

形状制御については、各方面で散々使い古された設定なのですが、
ナノマシンによって流体金属の形状を制御しているのはないかと考察します。
メタルZiという金属は、ナノマシンが結合するための力(電気or磁力？)を奪い、
一度吸収した後大気中放散する性質があるのではないか、と。
結果としてナノマシンによる流体金属の変形を防ぎ、刃が流体金属をすり抜け、
フレーム部分を切断できるのではないかと思います。
刀身が浮遊する描写から、当初は強磁力を帯びた金属かと思ったのですが、
それだと近くにある金属に方端から反応しそうな気もしますし……。

材料さえあれば製造する事自体は容易い、というソラシティでの発言から、
何となく考察したのですが、皆さんのお考えはどうでしょうか？