戦争終結後、ZOITECの親ゼネバス派が分裂してZi-ARMSになったという経緯から、ZOITECも一枚岩ではないです。
ネオゼネバスと共和国の兵器を開発・提供する部署がそれぞれあり、それぞれが｢ZOITEC｣として取引をしていたのかもしれません。
ともあれ、最終的にZOITEC上層部がヘリックに与することに決め、エナジーライガーのデータの引渡しをを要求。
ネオゼネバス派はこれを拒否し、妥協案(?)としてジェットファルコンのみを提供。
これをゼロ対応に調整して製造した…とかでしょうか？

態度が変わったのが2106年以降。
ZOITECが共和国に協力する事が決まってからです。
すなわち、乙女の憧れ｢礼金二重取り｣(ぉ
どちらにも協力することで、両方に取り入ったと考えられます。
幸いにして戦争終結後に親ネオゼネバス派が離反してくれたので、責任やら何やらはそっちに押し付けられましたしね。
管理責任は問われるでしょうけど(＾＾；

共和国が戦争終結後もZOITECとのつながりを持っていると仮定すると、｢強力な軍事ゾイドの提供を強要されて、仕方なく協力した｣とかの話はでっち上げでしょう。
バトストは戦争終了後に共和国の人かZOITECの人によって書かれたのかと。

俺的妄想設定補完、多少の設定の改ざん有という事で・・・・・・

ネオゼネバス帝国とＺＯＩＴＥＣ社の繋がりは古く、ガイロス帝国の摂政プロイツェンの政権下まで遡る。
当時、惑星Ｚｉの最強国家（もっと勢いが有り、最大の軍事大国）だったガイロス帝国の実質的指導者だったプロイツェンに商売柄ＺＯＩＴＥＣ社が接近してもおかしくはない。
彼の政治資金はＺＯＩＴＥＣ社が出していたかもしれない。
当然、見返りはガイロス帝国が惑星Ｚｉを完全制圧した暁に各種の利権を入手するのが目的である。またガイロス帝国に取り入って大型ゾイド開発ノウハウを入手もあっただろう。
まぁＺＯＩＴＥＣ社はヘリック共和国とも取引をしており、両者を天秤にかけつつも商売をしていたとも考えられる。

疑問・・・・・・
鉄竜騎兵団のゾイドって帝国ゾイドなのに共和国的（マグネーザー、ＴＦゾイドのようにＳＳゾイドの武器パーツへの変形装着。ＢＦ、ライガーゼロは共和国的に野生重視設計ete・・・）
凱龍輝の開発に共和国の協力を煽ったのにティラノサウルス型・・・・・・共和国ならライガー型じゃぁ？

プロイツェンには政敵（シュバルツ他）が多く、いくら地位と権力そしてＰＫ等の兵力（秘密警察）を有していたはいえ秘密りに相当数の兵力（新型ゾイド）を用意できるだろうか？兵員の訓練やガイロス帝国を離脱したゼネバス系兵士を待機秘匿するのにはかなり無理がある。
すくなくともZAC2101年11月の反乱まで、見事に隠し通すという快挙。

妄想・・・・・・
プロイツェンはＺＯＩＴＥＣ社に新型ゾイドの開発製造等を委託した。
なら、技術者集団にして共和国とも繋がりのあるＺＯＩＴＥＣ社が持てる技術を鉄竜騎兵団のゾイドに投入してもおかしくない。後のＢＬＯＸゾイドにしても鉄竜騎兵団のＳＳゾイドの運用ノウハウを昇華して開発されたともいえる。
当然この蜜月期の間にＺＯＩＴＥＣ社からかなりの技術提供の他にガイロス帝国兵器開発局（プロイツェンが完全掌握）との技術交換が密かに交わされていただろう。
この頃にはエナジーチャージャー・システムの基本原理と実験機が出来ていたのかもしれない。
エナジーライガーの設計はこの頃には完了していたのだろう。
本体／基本システムはプロイツェン側（ネオゼネバス）で拡張システムや兵装開発はＺＯＩＴＥＣ社が受け持っていたのかもしれない。
なお、この時点においてもプロイツェンは大型ゾイドの開発技術はＺＯＩＴＥＣ社に渡していない。
基本中枢にしてブラックボックスであるゾイド核は完成体で横流しか、本体搬入後にプロイツェン側（ネオゼネバス帝国）で装着完成させた？
ＺＯＩＴＥＣ社はあくまで巨大企業とはいえ兵装のメーカー、非ゾイド系の軍需産業だったのであろう。
さらにＺＯＩＴＥＣ社初の大型ゾイド凱龍輝がティラノサウルス型なのもＢＦを製造開発した経験からである。ＢＦと凱龍輝は異父姉妹なのだ！

さて、歴史の流れ・・・・・・
当初、圧倒的な兵力で西方大陸を制圧するはずのガイロス帝国が敗退。
さらにはガイロス帝国本土に逆に攻め込まれるという事態に歴史は流れた。
西方大陸でのガイロス帝国の敗退要因を後に語る事はできる。しかし当時の多くの人はガイロス帝国の西方大陸での勝利を確信していたのに違いない。
こうなってはＺＯＩＴＥＣ社は完全に投資先（プロイツェン）に失敗した訳である。
さらに、それらは総てプロイツェンの計画であり、ＺＯＩＴＥＣ社は利用されたに過ぎないと判れば心中はただ事ではないだろう。
その後、プロイツェンの遺児ヴォルフが中央大陸を制圧しネオゼネバス帝国を建国。しかしヴォルフはＺＯＩＴＥＣ社の債権（プロイツェンとの密約）を蹴った。
こうなってはＺＯＩＴＥＣ社はただ事ではない。ＺＯＩＴＥＣ社は過去を水に流して共和国に乗り換えた。
復讐の炎も込めてだ。
まぁ元々ヘリック共和国にも資金提供なり技術提供はしていただろうし、ヘリック共和国残存軍は軍事力（正面装備）はあっても資金力と後方支援能力がない。
このまま西方大陸を武力制圧して新国家を建国しても数年前までは未開の地でありインフラなどは大して整っていない（さらに本土からの資金と資材の流入も無い）地を拠点にしても先が見えている。こうしてお互いが複雑な思いの元で手を取った。ＺＯＩＴＥＣ社はヘリック共和国軍を支援する見返りに西方大陸の開発利権を手に入れたのだろう。

今日久々にジェットファルコンのバトストを読んでいて考え込んでしまったんですが。

ネオゼネバスの最終的な目的が惑星Ｚｉ統一であることはファンブック４で語られています。

そして、ジェットファルコンのバトストでは中央大陸制圧と同時に態度が一変。東方大陸への攻撃を暗にちらつかせ、より強力な軍事ゾイドの提供を求めた、とあります。

帝国が共和国を中央大陸から追い出したのが２１０６年ですから態度が変わったのは２１０６年〜２１０７年くらいだと思われます。

しかしこの時点で共和国軍の脱出先がＺＯＩＴＥＣの本拠である東方大陸で、この後、共和国が最新のＢＬＯＸ技術を投入された凱龍輝を投入してきたこともあれば、ＺＯＩＴＥＣの意思が反ネオゼネバスであることが、帝国も分かるはずです。

にもかかわらず、ジェットファルコンはエナジーライガーとの合体を前提に開発されています。

合体を前提と言うことは、ネオゼネバスは最新技術（エナジーチャージャー）を投入した、皇帝および親衛隊用に開発した最新鋭機のデータをＺＯＩＴＥＣに渡していると言うことです。それがなければ合体システムなど作れませんから。

ネオゼネバスは現在の敵対勢力の協力者＆将来の敵対勢力に最新鋭機のデータを渡していると言うことになるわけですが、一体何を考えて渡したのでしょうか？

エナジーライガーとライガーゼロは同じ野生体なわけですから、下手をすれば共和国とＺＯＩＴＥＣが、エナジーライガーを量産してくる恐れもあったと思うのですが・・・。