滑らかに羽ばたく事は出来るのではないかと思います。なんせ素体ゾイドも結構自由なポーズ取ってますし（スタチューのライガーゼロ素体やパッケージ解説面の図等を見る限りですが）。
　羽ばたいて見えるのは、実際には飛行機のラダ―やフラップと同様の空力的制御と、マグネッサーの出力調整（ジェット戦闘機のノズル開閉にあたる動作）、マグネッサーのベクトル調整（偏向ノズルによる推力方向の変更にあたる動作）を行っているのがその様に見えると考えます。だからブロックスのナイトワイズも羽ばたいてるように見える動きをしてるのではないでしょうか？

基本的に、飛行ゾイドの翼は全てマグネッサーウィングなのではないかと思います。
エナジーライガーやギルベイダー辺りはどうだかわかりませんが・・・。
羽ばたくというのは、生命の本能みたいなもんじゃないでしょうか？

フューザーズのオープニングでＦフェニックスが羽ばたいて飛ぶシーンがありますが、
金属製の翼で滑らかに羽ばたくことができるものなのか？
金属製の翼で、羽ばたいたところで揚力を得ることができるのか？
甚だ疑問なのです。

飛行ゾイドを系統で分けてみます。
プテラス、サラマンダー、ザバット、シュトルヒ等のマグネッサーウィング搭載機は、
地上からの磁力反発で飛行する為、羽ばたく必要はないはずです。
レドラー、ストームソーダー、グレイブクアマ等の翼部にブレードを持つ機体は、
構造上あきらかに羽ばたけないと思います。
これらのゾイドは、アニメでもあたかも航空機のような描写をされていて、
それの方が僕的にはしっくりきます。
(レイノスは上記には当てはまりませんが、
　/０において、やはり航空機っぽい描写でした)

はばたき飛行が確認されているのが、Ｆフェニックスとナイトワイズ(DAリザードのビデオより)。
どうやら、マグネッサーウィングを持たない鳥類型のゾイドは羽ばたきそうな傾向のようです。
そういえば、フューザーズにも登場する、バスターイーグルもマグネッサー搭載型でした。
しかし、オープニングのバスターフューラーの空中戦みてると、パタパタしてるように見えなくも無いんですよね…。
早くも仮定から崩れてきた予感…　（−−；

動画としての公開はないですが、
パタパタ候補の有力選手として上げられるのが、ジェットファルコン。
翼の構造上(B-CASとして翼部は装甲となる設定ですし)、
羽ばたかないで欲しいのですが、どうなると予想しますか？


野生体のゾイドとは金属外骨格生命体。
鳥型の外骨格生命体とか、どう考えてもありえないというか、飛べなさそうです。
野生体にはマグネッサーやジェットエンジンは付いてないですしね…。