ネオゼネバスはガイロス帝国のどの程度の戦力を吸収（独立）したのでしょうか？

何気にすごい難しい疑問ですね・・・。
単純に考えれば、
１：プロイツェンナイツを中心に、ごく少数。
２：旧ゼネバス帝国軍の大多数。
てな答えになるんでしょうが、それではちょっと曖昧ですな。
そもそも、プロイツェンは自分がゼネバス出身という事を公にしていたのか？
とか考え始めると、もうキリがないかもしれません。
それに、プロイツェンは本当に死んだんですかね？（ぉ）。

全然答えになってませんが、とりあえず色々と整理してかないと、
この疑問の答えは出ないっぽいですな。
誰か、お願いします（ぉ）。

まぁ、円満独立ではないでしょうから、かなりの根回しが要ったでしょう。
単純に戦闘用ゾイドのみではなくてある程度独立した勢力としてやって行けるような構成で、（戦闘支援、整備、資材）等も含んで、なおかつ独立した交戦集団としてガイロスの介入を許さない程度(反乱部隊としてアッサリ鎮圧されない程度)
と、まぁ、観念的な事しか言えません。
具体的な数と割合となると自分には解かりかねます。
何しろ公式ファンブック３以降のバトストは人から聞いた事しか知らない物で、そのへんに関しての記述っていうのはあるんでしょうか。

さらに疑問を増やしてバトンタッチしただけかも(ぉ

大型から小型までだいたい１個師団あたりだと思います。
あんまり多いと秘密部隊になりませんし。

デス様やバサふゅんは特に少なそうですが
ダクスパやトロ丼を量産すればなんとかなると。

　おおざっぱに計算してみますが…、西方大陸戦争においてガイロスが投入した戦力は約100個師団。本土には予備として、最低でもその半分くらいの戦力が残されていたと考えられますから、西方大陸戦争前後の時点におけるガイロス軍の全戦力は150個師団以上と思われます。
　で、ゼネバス人はガイロス内にて少数派であるがゆえに迫害を受け続けてきたわけですから、ガイロス軍の過半がゼネバス系であることは考えがたいです。元々ガイロスは多民族国家であり、その体制も強固な一枚板ではないと思われますが、そういう状況下にあってゼネバス人が一致団結し、正面切ってニクスの覇権を奪取するといった行動に出られなかった点からしても、そこまで大きな勢力ではなかったでしょう。
　かと言って、余り弱小ではわざわざ吸収して自陣営に加えるメリットもないですから、その辺のかねあいも考えると、おおよそガイロス軍全体の20%以下くらいの戦力だったのではないかと思います。
　鉄竜騎兵団は、この中から最も優秀かつゼネバスへの忠誠篤きものを選りすぐった精鋭戦力だったのでしょう。ガイロス軍に籍を置く兵士を、そんなに多数引き抜くわけにも行きませんし(西方大陸戦争末期の混乱に紛れ、書類上戦死したことにして兵士を集めたとか、民間人に秘密裏に訓練を施した可能性もあり得ますが…)、秘密部隊としてニクス各地で暗躍していた事実や、独自に新鋭ゾイドを配備するのに要する膨大な資金等の条件を考慮すると、総計10個師団以下だったのではないかと。
　ただし、プロイツェンが行動を起こして以降は、鉄竜騎兵団所属以外の大多数のゼネバス系将兵もこれに呼応し、ネオゼネバスの旗の下に参じたと考えられますので、これで全ガイロス軍の20%、約30個師団が味方に付いたことになります。また、ガイロスから離反してプロイツェンに鞍替えした者もあったでしょう。
　ジャミングウェーブによる優位性があるとは言え、広大な中央大陸に全ガイロス軍を上回る兵力を揃えた共和国相手に勝利してのけたという実績を鑑みても、ネオゼネバスには中央大陸侵攻の時点で30〜50個師団くらいの戦力はあったと考えるのが妥当かと。
　そして2105年現在では、アロザウラー付属ファンブックにあった「ネオゼネバスと共和国の戦力比は20:1」という記述からしても、共和国内からの転向者も加え、100個師団くらいにまで膨れ上がっているかも…。